CE. 15 février 2019, req. n°401384 :

" 9. Aux termes de l’article L. 600-5-2 du code de l’urbanisme, issu de la loi du 23 novembre 2018 portant évolution du logement, de l'aménagement et du numérique, qui est entré en vigueur le 1er janvier 2019 : « Lorsqu’un permis modificatif, une décision modificative ou une mesure de régularisation intervient au cours d’une instance portant sur un recours dirigé contre le permis de construire, de démolir ou d’aménager initialement délivré ou contre la décision de non-opposition à déclaration préalable initialement obtenue et que ce permis modificatif, cette décision modificative ou cette mesure de régularisation ont été communiqués aux parties à cette instance, la légalité de cet acte ne peut être contestée par les parties que dans le cadre de cette même instance. » En l’absence de disposition expresse y faisant obstacle, ces dispositions, qui conduisent à donner compétence au juge d’appel pour statuer sur une décision modificative ou une mesure de régularisation si celle-ci est communiquée au cours de l’instance relative à l’autorisation délivrée initialement, sont applicables aux instances en cours à la date de leur entrée en vigueur"

"10. Lorsqu’un tribunal administratif, après avoir écarté comme non fondés les autres moyens de la requête, a retenu l’existence d’un ou plusieurs vices entachant la légalité du permis de construire, de démolir ou d’aménager dont l’annulation lui était demandée et, après avoir estimé que ce ou ces vices étaient régularisables par un permis modificatif, a décidé de faire usage des pouvoirs qu’il tient de l’article L. 600-5 du code de l’urbanisme en prononçant une annulation partielle du permis attaqué et en fixant, le cas échéant, le délai dans lequel le titulaire du permis en cause pourra en demander la régularisation, l’auteur du recours formé contre le permis est recevable à faire appel du jugement en tant qu’en écartant certains de ses moyens et en faisant usage de l’article L. 600-5, il a rejeté sa demande d’annulation totale du permis, le titulaire du permis et l’autorité publique qui l’a délivré étant pour leur part recevables à contester le jugement en tant qu’en retenant l’existence d’un ou plusieurs vices entachant la légalité du permis attaqué, il n’a pas complètement rejeté la demande du requérant. Lorsque le juge d’appel est saisi dans ces conditions d’un appel contre le jugement du tribunal administratif et qu’un permis modificatif a été délivré aux fins de régulariser les vices du permis relevés par ce jugement, il résulte des dispositions de l’article L. 600-5-2 du code de l’urbanisme précité que le bénéficiaire ou l’auteur de cette mesure de régularisation la lui communique sans délai, les parties de première instance comme les tiers, en application des dispositions de l’article R. 345-1 du code de justice administrative, ne pouvant contester cette mesure que devant lui tant que l’instance d’appel est en cours. Par suite, si un recours pour excès de pouvoir a été formé contre cette mesure de régularisation devant le tribunal administratif, ce dernier la transmet, en application des articles R. 351-3 et, le cas échéant, R. 345-2 du code de justice administrative, à la cour administrative d’appel saisie de l’appel contre le permis initial.

11. Il appartient alors au juge d’appel de se prononcer, dans un premier temps, sur la légalité du permis initial tel qu’attaqué devant le tribunal administratif. S’il estime qu’aucun des moyens dirigés contre ce permis, soulevés en première instance ou directement devant lui, n’est fondé, le juge d’appel doit annuler le jugement, rejeter la demande d’annulation dirigée contre le permis et, s’il est saisi de conclusions en ce sens, statuer également sur la légalité de la mesure de régularisation. Si au contraire, il estime fondés un ou plusieurs des moyens dirigés contre le permis initial mais que les vices affectant ce permis ne sont pas régularisables, le juge d’appel doit annuler le jugement en tant qu’il ne prononce qu’une annulation partielle du permis et annuler ce permis dans son ensemble, alors même qu’une mesure de régularisation est intervenue postérieurement au jugement de première instance, cette dernière ne pouvant alors, eu égard aux vices affectant le permis initial, avoir pour effet de le régulariser. Il doit par suite également annuler cette mesure de régularisation par voie de conséquence.
12. Dans les autres cas, c’est à dire lorsque le juge d’appel estime que le permis initialement attaqué est affecté d’un ou plusieurs vices régularisables, il statue ensuite sur la légalité de ce permis en prenant en compte les mesures prises le cas échéant en vue de régulariser ces vices, en se prononçant sur leur légalité si elle est contestée. Au terme de cet examen, s’il estime que le permis ainsi modifié est régularisé, le juge rejette les conclusions dirigées contre la mesure de régularisation. S’il constate que le permis ainsi modifié est toujours affecté d’un vice, il peut faire application des dispositions de l’article L. 600-5 ou de l’article L. 600-5-1 du code de l’urbanisme pour permettre sa régularisation".